国际杂志基因组学

我们采用的一体化战略，目前消减和比较代谢和对治疗靶点基于基因组学的研究结果链球菌parauberis。这是第一次，我们不仅确定基于基因组和蛋白质组数据库分析潜在的目标，但也建议了新的抗菌药物牙鲆的治疗（牙鲆） 感染S. parauberis。为了做到这一点，102种总标注的该细菌菌株的代谢途径从计算比较的代谢和基因组数据库萃取。六个成药蛋白从DrugBank数据库中的这些代谢途径与他们各自的基因，mtnN，佩纳，PBP2鉴定，murB，MURA，的coaA，和FNI 112种基本非同源蛋白的进行。在这些命中，26个跨膜蛋白和77个胞质蛋白提取分别作为潜在的疫苗和药物靶标。从FDA DrugBank，选择头孢噻呋以防止抗生素耐药性，因为它抑制了我们的选择确定的目标。氟苯尼考是用于治疗的S. parauberis感染在比目鱼和被选为比较的药物。鱼分离的所有测试株S. parauberis易受到头孢噻呋和氟苯尼考与0.0039-1最低抑菌浓度（MIC） μ克/ mL和0.5-8 μ克/毫升，IC₅₀0.001-0.5 μ克/ mL和0.7-2.7 μ克/毫升，和2-256最小生物膜根除浓度（MBEC） μ克/ mL和4-64 μ克/毫升，分别。为头孢噻呋和氟苯尼考类似敏感性图中发现，与头孢噻呋观察到一个有效的和有效的抗微生物药物抵抗鱼病原体的浮游和生物膜形成的菌株链球菌parauberis，它可以在养殖业应用。因此，我们的预测方法不仅表现出新的治疗药物，但也表示，市场上销售的药物也应针对这一重要的鱼类病原体的新确定的目标效果测试。

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在这项研究中，我们探讨了黄芩汤的药理机制（HQT;中国传统的中药配方），溃疡性结肠炎（UC）和提供证据的潜在作用HQT播放由基因表达谱。该UC大鼠模型通过的化合物的方法（三硝基苯磺酸加乙醇）制备。十来天的治疗后，从大鼠的结肠段进行微阵列分析。生物学功能和特定信号转导途径是基于差异表达的基因（DEG）富集，并且经由独创性途径分析（IPA）构建相应的基因网络。通过网络，我们筛选潜在的“候选目标，”比如ITGB1，FN1，CASP3和ITGA5和FABP1，ABCB1，FABP2和SLC51B。这些潜在的候选目标在功能上与免疫反应，炎症和代谢。此外，HQT显著降低促炎因子的一氧化氮的血清水平（NO），促炎细胞因子白细胞介素（IL-）17，和前列腺素E2（PGE2）。HE染色的结肠组织的程度模型组严重但HQT组显著降低。HQT通过抑制炎症反应表现出对结肠损伤的保护作用。

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目标。这项研究的目的是确定宫颈癌的预后签名。主要方法。基因表达数据和子宫颈癌和正常宫颈组织的临床信息是从癌症基因组图谱和从基因表达综合数据库的三个数据集获得的。DESeq2和LIMMA被雇用屏幕差异表达的基因（DEGS）。所有数据集之间的重叠度的视角被认为是最后的度的视角。然后，进行了功能富集分析。此外，进行Cox比例风险回归建立DEGS的预后标志。在Kaplan-Meier分析应用到测试模型。基因表达和在宫颈癌临床病理参数，包括年龄，HPV状态，组织学，分期和淋巴结转移之间的关系，通过卡方检验。这些预后基因的体细胞突变是通过cBioPortal评估。该模型的鲁棒性在另外两个独立验证群体进行了验证。主要调查结果。总共169重叠上调的基因和29点重叠的下调的基因在宫颈癌鉴定与正常宫颈组织相比。功能富集分析表明DEGS主要富集在DNA复制，细胞周期，和p53信号传导途径。最后，5 - 基因 - （ITM2A，DSG2，SPP1，EFNA1和MMP1）的预后标志建成。根据这个模型，每个病人被赋予了预后相关的风险值。在Kaplan-Meier分析表明，高风险与宫颈癌较差总体生存期，与接收了15年的经营特征0.811曲线下面积。这种模式在宫颈癌结果的预测的有效性在其他两个独立的数据集进行了验证。此外，我们的研究还发现，ITM2A的低表达与宫颈腺癌有关。有趣的是，DSG2与子宫颈癌的HPV状态相关联。意义。我们的研究宫颈癌构建的预测模型，并发现了两个新基因，ITM2A和DSG2，与宫颈癌的发生和生存有关。

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免疫性血小板减少症（ITP）是一种获得性出血疾病由于antilogous血小板和血小板生成无效的免疫介导的破坏。虽然ITP的病因仍不清楚，遗传变异被认为是个体易患本病。几个候选基因分析已经确定了几个基因座增加ITP易感性，但在全基因组范围内没有系统的遗传分析。为了扩展遗传证据，并确定ITP的新的候选人，我们通过IlluminaHumanOmniZhongHua-8进行了集中全基因组关联分析（GWAS）在200 ITP病例和中国汉族人群（CHP）200个控制相结合路径分析。结果表明，4新颖基因座（rs117503120，rs5998634，rs4483616，和rs16866133）是紧密联系在一起ITP（相关 ）。期待rs4483616，其它三个位点，通过TaqMan探针基因分型测定证实（ ）在另一个队列包括250 ITP病例和250所控制。和rs5998634 T等位基因是为ITP患者糖皮质激素（更敏感 ， ）。此外，我们确定了三个过多信号传导途径，包括神经活性配体 - 受体相互作用，通路在癌症，和JAK-STAT途径，其中涉及在ITP的病因。总之，我们的结果表明四种新型基因位点，并与ITP并提供了新的线索，探讨ITP的发病机制三条途径。

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这项研究的目的是调查orthodenticle同源框1之间的关联（OTX1）基因多态性与中国汉族患者队列原发性癫痫。我们进行了病例对照研究，对147例原发性癫痫和150个健康对照。Genomic DNA was isolated from 1 ml of ethylene diamine tetraacetic acid (EDTA)-treated blood. TheOTX1编码序列被分成三个部分，并且使用PCR扩增，并对产物进行使用Sanger测序方法进行基因分型。所有OTX1编码序列是保守的，除了位于第五外显子rs17850223。CC的频率，CG和GG基因型显示，特发性癫痫患者与对照组无统计学差异。的rs17850223 G等位基因分布也是特发性癫痫患者和对照之间类似。有趣的是，GG基因型的频率在患者全身性癫痫发作是显著高于正常对照组相比（12.2％对2％， ）和rs17850223等位基因G的更大的分布也被认为在患者全身性发作与对照组相比（18.3％对10％， ）。rs17850223可能在中国特发性癫痫患者癫痫大发作活动起着至关重要的作用。

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甜高粱（高粱）是世界上最重要的粮食作物与五颜六色的种子之一。为了研究多样性和甜高粱种子的植物化学物质的品种特异性，广泛针对性代谢组学方法分析了白色，红色，紫色种子的代谢特征从三个甜高粱栽培品种Z6，Z27，和HC4。我们确定651种代谢物分成24类，包括脂肪酸，甘油脂，类黄酮，苯甲酸衍生物，花青素，和核苷酸及其衍生物。其中，217种代谢物被选定为这可以通过聚类分析，主成分分析（PCA），和正交信号校正和偏最小二乘-判别分析（OPLS-DA）进行相关的种子颜色显著差动代谢物。甲显著差异显示的红色种子和紫色的种子样品，Z27和HC4，其中106被下调和111被上调之间。结果表明，240种代谢物显著不同，这可能与紫色与58点的代谢物下调和182种代谢物上调。和199种代谢物可能参与了红色的表型与54下调和上调135。有45种代谢产物是共同的所有三个品种，而花青素O-丙二酰丙二酰hexoside，矢车菊O型acetylhexoside和矢车菊3-O-葡萄糖 - malonylglucoside均显著上调红色的种子，这可能是该品种的基础种颜色。一般情况下，我们的研究结果提供的代谢物的三种表之间的综合比较S.双色并从代谢的角度表型差异的解释。

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